Desinfektion av poolvatten syftar till att stoppa mikrobiell aktivitet och förstöra mikroorganismer. Desinfektion betyder inte sterilisering, eftersom vissa organismer kan överleva i ett tillstånd av inaktivitet, till exempel genom att skapa sporer som inte växer och reproducerar men existerar.
När miljöförhållandena blir gynnsamma kommer de att återfå sitt aktiva tillstånd och kan reproducera sig snabbt. Därför måste desinfektion utföras kontinuerligt. Produkterna används i en koncentration som är skadlig för mikroorganismer, inte människor. Normala förhållanden för en bra desinfektion är: 0,5 till 1,0 mg / l klor, pH mellan 7,0 och 7,6.